当借款超过两年时，处理方式主要包括以下几种：
协商：
首先，债权人可以尝试与债务人进行友好协商，寻求还款的安排。
调解：
如果协商无果，债权人可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解来解决纠纷。
诉讼：
如果协商和调解都不能解决债务问题，债权人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。根据《民法典》的规定，债权人请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
支付令：
如果借条中没有约定还款期限，或者约定了还款期限但债务人逾期未还款，债权人可以向法院申请支付令。
强制执行：
一旦法院作出判决或支付令，而债务人仍不履行还款义务，债权人可以申请法院进行强制执行。
需要注意的是，尽管借款超过两年，但法律并没有规定此时债权人丧失追索权。实际上，如果债权人在时效期内采取了行动（如协商、调解或提起诉讼），诉讼时效可以中断或延长。