商户存根丢失可能会导致以下问题：
交易风险：
存根是商家与银行之间交易的真实性的证明，丢失后可能导致银行对交易产生怀疑，进而导致资金暂时冻结或无法到账。
法律责任：
根据相关法律规定，商家有义务保存交易记录。存根的丢失可能使商家无法证明交易的合法性，从而可能面临法律诉讼。
资金安全：
存根中包含交易双方的信息，丢失后可能会被不法分子利用，对商家的资金安全构成威胁。
交易数据丢失：
没有存根，商家将无法查看之前的交易记录，这可能影响商家的财务管理和经营决策。
信誉损失：
存根丢失可能会引起消费者的不信任，导致顾客流失和销售额下降。
税务机关处罚：
未按规定保管发票存根可能会受到税务机关的罚款。
如果存根丢失，商家应尽快采取以下措施：
回忆交易情况，检查周围环境寻找丢失的存根。
如果找不到存根，及时与银行联系，了解是否可以补打或采取其他补救措施。
考虑咨询法律顾问，了解可能的法律后果和应对措施。
加强存根的保管，防止类似情况再次发生。