当工厂在您辞职时扣除了您的工资，您可以采取以下步骤来维护自己的权益：
与工厂协商
首先尝试与工厂负责人或相关部门（如人事、财务）进行沟通，了解扣工资的原因，并提出支付剩余工资的要求。
保留好沟通记录，如聊天记录、邮件等，作为证据。
向劳动监察部门投诉
如果协商无果，您可以向工厂所在地的劳动监察大队投诉。
准备必要的证据，如身份证、劳动合同、工资条、考勤记录等。
申请劳动仲裁
如果劳动监察部门未能解决问题，您可以向工厂所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
提交仲裁申请书及相关证据，如劳动合同、工资支付凭证、离职证明等。
法院起诉
如果仲裁结果不满意，您可以在规定时间内向法院提起民事诉讼。
申请支付令
如果与工厂就拖欠工资事项达成调解协议，工厂未履行的，您可以申请支付令。
注意法律规定
根据《工资支付暂行规定》，如果因劳动者原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以要求赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%。
《劳动合同法》规定，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者工资。
请确保在采取任何行动前，您已经收集了所有相关的证据，并了解当地的具体法律规定和程序。