农村自建房在离婚时的分割通常遵循以下原则：
婚前个人财产
如果房屋是一方婚前建造，且另一方在建造时没有出资，则该房屋通常视为婚前个人财产，离婚时不予分割。
婚后共同财产
如果房屋是在婚姻关系存续期间建造，且双方共同出资出力，则该房屋视为夫妻共同财产。
若双方对分割有异议，协商不成时，法院会根据具体情况，考虑照顾子女、女方和无过错方权益的原则进行判决。
特殊情况
如果一方婚前取得宅基地使用权，婚后双方共同出资建造，则房屋为夫妻共同财产，应合理分割。
如果房屋由双方家庭共同出资建造，可能视为对夫妻双方的赠与，一般对等分割。
评估与补偿
如果一方主张房屋所有权，可能需要通过评估机构评估房屋价值，取得房屋所有权的一方应给予另一方相应的经济补偿。
法律依据
根据《民法典》第一千零六十二条和第一千零八十七条的规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻共同财产，离婚时应平等处理。
其他注意事项
如果房屋没有合法的建设审批手续，或者涉及到其他人的利益，法院可能不予处理。
如果双方户口均不在争议自建房所在的集体经济组织内，法院可能不支持分割。
以上原则仅供参考，具体分割方式还需结合案件实际情况和当地法院的具体判决。