事业单位辞职后，档案的处理方式如下：
确认档案接收单位
如果有新的工作单位，可以凭新单位的调档函将档案转移到新单位。
如果没有新的工作单位，可以选择将档案存放在户籍地的人才中心或其他档案管理机构进行托管。
办理调档手续
携带个人证件和解除聘用合同证明，如果是试用期内辞职，则需携带取消聘用审批表。
向人才服务中心申请调档函，然后持调档函到原单位或人力资源和社会保障局调档案。
确认档案转递
确认档案是否已经被转递到户籍地的人才中心，以确保档案的安全和完整性。
遵循正式渠道
档案的处理应遵循正式的渠道，避免私自保管档案，以确保档案的合法性和安全性。
保密处理
在档案转递过程中，应注意保密，避免档案内容泄露。
及时更新相关手续
如果在辞职后很快找到了新的接收单位，应及时办理档案转移手续，确保档案能够及时准确地转移到新单位。
存档手续
档案转到人才中心后，需要本人或委托人（需提供委托函）办理存档手续，并确认档案内容是否完整和准确。
通过以上步骤，可以确保事业单位辞职后档案得到妥善处理，既方便个人就业，又保障档案的安全和合法性。