新农合住院手续的办理流程通常包括以下几个步骤：
住院通知
农民因疾病住院时，应尽快通知所在的新农合经办机构或者村委会等相关部门。
住院登记
携带新农合证件（如农合证）、身份证、住院押金单等相关材料到住院处办理住院手续。
在住院当日，务必带齐新农合证件和住院预付金额。
住院治疗
住院期间，新农合患者应遵守医院规定，未经主管医生允许不得擅自到门诊或外院进行检查、治疗。
出院结算
出院时，患者需将住院发票、费用清单、出院记录和身份证等相关材料提交给所在乡镇合管所进行审核。
审核通过后，费用将转入参保人指定的账户中。
异地就医
如果在外地就医，需要先到县合管办办理转诊备案手续，然后到转诊医院就医，并在出院后提交相关材料到合管办报销。
注意事项
社保卡是新农合报销的重要凭证，应及时办理。
准备齐全的材料，包括住院发票、费用清单、出院小结、电脑住院发票原件等。
报销时，可能需要根据当地规定提供额外的证明材料，如转诊证明等。
请根据当地的具体规定和流程进行操作，并确保在规定的时间内完成相关手续，以免影响报销。如果有任何疑问，可以咨询当地的新农合经办机构或医院工作人员