根据《民法典》第三百五十九条的规定，住宅建设用地使用权期限届满的，可以自动续期。续期费用的缴纳或者减免，依照法律、行政法规的规定办理。非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，也依照法律规定办理。
具体到商品房40年后的问题，以下是可能的处理方式：
自动续期：
住宅建设用地使用权期限届满后，理论上可以自动续期，无需额外申请。
续期费用：
如果需要续期，可能需要缴纳一定的土地出让金，具体金额依照当时的地价水平和法律规定确定。
非住宅建设用地：
对于非住宅建设用地，续期需依照法律规定办理。
补偿情况：
如果根据规划需要，国家需要收回土地和地上建筑物，业主可以得到相应的经济补偿。
房屋产权：
即使土地使用权到期，房屋本身仍然属于业主所有。
预售登记备案和交付：
在办理续期之前，应确保已经完成了预售登记备案，并且房屋已经竣工验收合格并交付使用。
请注意，以上信息基于现有的法律框架，具体实施可能因地区和时间的不同而有所变化。建议咨询当地的土地管理部门或法律专业人士，以获得最准确和最新的信息