事业单位节假日加班工资的计算方法如下：
法定节假日加班工资
法定节假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
休息日加班工资
休息日安排劳动者工作又不能补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
需要注意的是，加班工资的基数可以是劳动合同中约定的工资标准，也可以由企业和职工协商确定。如果劳动合同或集体合同中没有约定，职工代表可以与用人单位通过工资集体协商确定，并签订工资集体协议。
此外，对于事业单位编制外人员和编制内人员的加班工资支付标准也有所不同。编制外人员法定节假日加班工资不低于平时工资的百分之三百；编制内人员则应当给予相应的补休，不能补休的按照国家规定给予补助。
综上所述，事业单位在计算节假日加班工资时，必须严格按照《中华人民共和国劳动法》的规定执行，确保员工的合法权益得到保障。