当户口不在一起时，证明父子关系可以通过以下几种方式：
出生证明：
如果存在出生证明，它是最直接证明父子关系的证据。
户口簿记录：
如果双方曾经在同一户口簿上，可以通过查询户口簿的历史记录来证明关系。
亲子鉴定：
在无法提供其他证明材料的情况下，可以通过进行亲子鉴定来证明父子关系。
公证：
可以携带相关证明材料，到公证处进行亲属关系证明的公证。
公安机关证明：
可以向户籍所在地的公安机关申请开具亲属关系证明。
法医学鉴定书：
在特殊情况下，如亲子鉴定无法进行，可以通过法医学鉴定来证明血缘关系。
其他证明材料：
如独生子女证、收养证等，也可以作为证明父子关系的辅助材料。
人事档案：
查询本人档案中与父母关系证明并复印。
工作单位证明：
一般由正式事业单位开具本人和父母关系证明。
村委会或居委会证明：
由村委会或居委会出具证实父子关系的证明，然后到户口所在地派出所加盖公章。
请根据具体情况选择合适的方式进行证明。需要注意的是，以上信息可能因地区和时间的不同而有所变化，建议咨询当地公安派出所或户籍管理部门获取最新的指导和帮助