车辆两年没有进行年检的处理方法如下：
补检
车辆两年未年检，档案已经被注销，但不需要强制报废。车主需要先到车管所补齐手续，再缴纳相关费用后进行补检。
罚款
逾期未年检的车辆可处200元以下罚款。
驾驶人驾驶未按期年检的机动车，记3分。
强制报废
如果车辆在检验有效期届满后连续3个机动车检验周期内未取得机动车检验合格标志，车辆将被强制报废。
驾驶达到报废标准的机动车，机动车将被没收并强制报废，可处驾驶人200-2000元罚款，吊销驾照。
其他手续
如果车辆已经被吊销各种手续，车主可以拿车辆出厂证明、第一次上牌的相关手续到车管所，看看是否能够办理重新登记。
建议：
车主应尽快补检并缴纳相关费用，避免车辆被强制报废和吊销驾照。根据《中华人民共和国道路交通安全法》，未按时进行年审的车辆可能会被公安机关交通管理部门扣留，并处以警告或罚款。