港澳通行证丢失的补办流程如下：
报警并获取报失证明
携带内地身份证和入境小票，前往最近的香港警署报警，说明港澳通行证遗失的情况。
获取《报警回执》和《受理须知》。
申请临时通行证
填写《中华人民共和国出入境通行证申请表》。
提交内地居民身份证或户口本原件（如无法提交原件，请提交影本）、香港警署出具的报失证明、近期正面免冠彩色照片。
支付相应的费用（普通件约300港币，加急件约450港币，如需递函审批，需另加200港币递函服务费）。
领取《领取证件回执》和临时通行证。
办理离境手续
领取临时通行证后，亲自前往香港入境事务处办理离境手续。
请注意，补办流程可能因具体情况而有所不同，建议您根据最新的政策和流程进行操作。