当发现工厂使用童工时，根据《中华人民共和国劳动法》和相关法规，可以采取以下措施进行处理：
劳动保障行政部门介入
对使用童工的工厂，劳动保障行政部门将介入调查，并依据《劳动法》第九十四条的规定，对用人单位处以罚款。
罚款标准通常是每使用一名童工每月5000元，若在使用有毒物品的作业场所使用童工，则罚款金额会更高。
责令改正
劳动保障行政部门会责令工厂立即改正，将童工送回其父母或其他监护人，并承担送童工回家的相关费用。
经济处罚
如果工厂在规定期限内仍未改正，罚款金额将提升至每月10000元。
对于介绍童工就业的单位或个人，也会受到相应的罚款处罚。
吊销营业执照
在情节严重的情况下，市场监督管理部门有权吊销工厂的营业执照。
刑事责任
如果使用童工的行为构成犯罪，如拐骗童工、强迫童工劳动等，将依法追究刑事责任。
其他措施
对于童工在有毒作业场所受到的伤害，工厂应负责治疗并承担费用。
若童工因工致残或死亡，工厂将面临更严重的法律责任，包括吊销营业执照或撤销民办非企业单位登记。
以上措施旨在保护未成年人的合法权益，并防止用人单位非法雇佣童工。