无证运输苗木的处理通常依据以下法律法规：
没收非法运输的苗木：
县级以上人民政府林业主管部门有权没收无合法运输证件的苗木。
罚款：
对货主可处以苗木价值一定比例的罚款，通常为非法运输苗木价款的一定百分比，如30%。
补办检疫证件：
如果苗木没有相应的检疫证明，可能会被扣留，并要求补办相关的检疫证件。
刑事责任：
在某些情况下，如果涉及非法运输盗伐、滥伐的林木，可能会面临刑事责任，包括有期徒刑、拘役或管制，并可能处以罚金。
暂扣无证运输的苗木：
木材检查站在发现无证运输苗木时可以予以制止，并暂扣苗木，随后报告给县级以上人民政府林业主管部门处理。
建议在运输苗木前务必办理好相关的检疫证书和运输证件，以避免不必要的法律风险和经济损失。需要注意的是，具体的法律规定和处罚措施可能因地区而异，请以当地法律法规为准