如果公司扣押了您的证件，您可以采取以下步骤处理：
与单位协商：
首先尝试与单位沟通，了解扣押证件的原因，并争取通过协商解决问题。
向劳动监察部门投诉：
如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。
申请劳动仲裁：
如果劳动监察部门无法解决问题，您可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。
提起诉讼：
如果仲裁结果不满意，或者您认为自己的权益受到了严重侵害，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求单位归还证件并承担相应的法律责任。
请确保在采取行动前收集所有相关证据，例如劳动合同、证件的复印件等，以便在需要时提供给有关部门或法院。