上海公司申请牌照的流程如下：
准备必要资料
申请者需要准备有关所在地市、区、县法定资本、经营范围、组成字号等信息，并将这些资料放在《企业法人准予登记证明》上加盖公章或申请书。
使用《中国企业登记印章申请表》填写企业名称、流水号等信息，并在表格上下方各加盖一枚行政管理机关的印章。
提交资料
将准备好的资料按顺序叠置于文件夹内，并提交给上海市市场监督管理局。可以在窗口领取登记印章。
资质审核
企业需要满足一定的条件，包括具有有效的营业执照和税务登记证明，经营状况和信用记录良好，没有重大违法违规行为。
提供详细的资料，如营业执照副本、组织机构代码证、税务登记证、法定代表人身份证明、企业上一年度的纳税证明等，以审核企业是否具备申请车牌的资格。
申请方式
企业可以通过上海市交通委指定的网站或者服务窗口进行申请。在申请过程中，需要如实填写企业的相关信息，并上传所需的证明文件。
参与竞拍或摇号
审核通过后，企业将获得参加车牌竞拍或者摇号的资格。
对于车牌竞拍，企业需要在规定的时间内缴纳竞拍保证金，并参与竞拍。竞拍的价格会根据市场供需情况而有所波动。
如果是摇号方式，企业则需要等待摇号结果。一旦中签，企业需要按照规定的时间和流程办理车牌的相关手续，并缴纳相应的费用。
办理开票手续
最后，申请者可以向上海市销售税务局办理票据发给、更改报备、挂失补发等手续。
信息核实与拍卖登记
申请人向服务中心提出参加客车额度拍卖申请，提交相关材料，填写承诺书。
服务中心会同公安、人力资源社会保障、税务等部门在规定期限内完成申请人信息核实工作。
申请人可登录“上海市交通委员会网站”或“上海市非营业性客车额度拍卖网站”查询核实进度和结果，服务中心也会以短信方式提示申请人核实结果。
信息核实通过后，允许参加拍卖，可以在自参拍申请核实通过之日起一个月内至列出的办理地址办理拍卖登记手续，逾期未办理的信息核实结果将失效。
领取车牌
缴纳完税费和保证金后，即可领取车牌。领取车牌后，需要在公司明显位置进行公示，并按照规定进行年检和报税。
建议：
申请者应提前了解相关法规和政策，确保公司符合申请条件。
准备充分的申请材料，并按照规定的流程进行申请，以确保申请过程顺利。