在耕地上建房需要遵循以下合法程序：
申请用地 ：首先，建房户应向集体经济组织提出用地申请。公示：
村集体经济组织需将申请建房户的信息张榜公示，公示期通常为15个工作日以上。
初审：
国土资源管理处及镇社会事务室工作人员会对申请人是否符合条件及拟用地是否符合规划进行初审。
审批流程
若占用农用地，需按规定报市政府办理农用地转用审批手续。
经公示无异议后，将符合条件的用地户报乡镇人民政府审核，再报县人民政府审批。
缴纳费用：
如占用耕地，可能需要缴纳耕地开垦费，用于开垦新的耕地。
建设管理：
镇政府进行现场查验，并实行建设全程管理。
竣工验收：
建房户申请竣工验收，核发建房竣工验收合格证。
不动产权登记：
合法建设完成后，可以办理不动产权登记。
请注意，以上步骤和规定可能因地区而异，具体操作应遵循当地最新的法律法规和政策。