国家占用的房屋处理方式通常包括以下几种情况：
补偿
国家占用个人房屋时，通常会提供一定的补偿，包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。
征收耕地的土地补偿费通常是耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。
安置补助费根据需安置的农业人口数计算。
法律途径
如果房屋被非法侵占，可以通过协商、法院起诉或报警处理。
如果构成侵占罪，可以追究刑事责任，根据《刑法》第二百七十条的规定，侵占他人财物数额较大或有其他严重情节的，可判处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金。
行政程序
对于农村在建房屋，不管是否占用耕地，一律要停工报审，待批准之后方可恢复建设。
对于已完工的占耕房屋，按现状固化，待根据国家相关政策分类处置。
补偿方式
货币补偿：通过估价生成补偿金额对被征收房屋进行补偿。
产权调换：以异地或原地再建的房屋和被拆除房屋进行产权交换。
结合型补偿：被征收人自行选择拆迁补偿方式，可以二者结合补偿。
诉讼时效
房屋侵占的适用诉讼时效为三年，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
行政复议或行政诉讼
如果对房屋赔偿标准有异议，可以通过行政复议或者行政诉讼的方式处理。
证据收集
遇到政府强拆，如果存在违法行为，需要收集好被强拆的证据，然后通过法律途径维护自己的权益。
以上处理方式可能因地区、具体政策和案件情况而有所不同。在处理国家占用房屋的问题时，建议咨询专业律师或相关部门获取具体指导