当您的快递在运输过程中被掉包时，您可以按照以下步骤处理：
收集证据
保留快递单据、物流跟踪信息、购买凭证等相关证据。
联系快递公司
立即联系快递公司的客服部门，说明情况并提供必要的证据。
索赔流程
快递公司会根据您提供的证据和快递单上的保价信息进行赔偿处理。
如果您的快递有保价，按照保价额进行赔偿。
如果未保价，快递公司会根据实际损失进行赔偿，但通常不超过所收取资费的三倍。
法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第八百三十二条，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任，除非是因不可抗力、货物本身的自然性质或合理损耗以及托运人、收货人的过错造成。
邮政法规
如果涉及邮政服务，可参考《邮政法》第三十三条和第四十七条的规定，了解邮政企业对邮件损失的赔偿标准。
其他途径
如果通过快递公司无法解决问题，您也可以联系电商平台寻求帮助并提出索赔要求。
请确保在处理过程中保持沟通记录，以便在必要时作为证据使用。