车被套牌违章的报案流程如下：
报案地点 ：车主可以选择向机动车登记地或违法行为发生地的公安机关交通管理部门报案。
所需材料
报案人的身份证明（身份证、驾驶证等）；
被套牌机动车的行驶证；
书面报案材料，载明涉嫌被套用机动车的基本情况，包括违法时间、违法地点、违法行为等；
被套牌车辆的外观照片，包括前部和后部等可反映车辆细部特征的照片。
报案流程
携带上述材料前往报案地点；
填写涉嫌被套用机动车基本情况的书面报案材料；
提交相关证据材料；
交警部门接案后，将审核相关证据资料，确认被套牌情况后进行处理。
处理结果
公安机关交通管理部门在核实证据材料后，撤销使用套牌期间发生的交通违法信息，并将相应的交通违法信息录入套牌管理系统。
如果套牌违法车辆与被套牌车辆特征明显不符，或者报案人能够提供充分证据证明车辆号牌被套用，交警部门将依法进行处理。
注意事项
如果车辆有未处理完毕的正常违法行为，需要先处理这些违法记录，否则交管部门可能无法受理套牌报案。
报案人应当尽可能提供详细的证据材料，以便公安机关交通管理部门能够迅速核实情况并处理案件。
通过以上步骤，车主可以有效地报案并处理车辆被套牌违章的问题。建议车主在发现车辆被套牌后，尽快携带相关证件和证据材料前往公安机关交通管理部门报案，以便尽快恢复车辆的正常状态并避免不必要的法律责任。