当驾驶人在高速公路上违章并被扣12分时，需要按照以下步骤处理：
携带证件：
驾驶人需携带身份证、驾驶证到指定的教育培训大队或交警大队办理报名。
参加培训：
完成报名后，驾驶人需参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
参加考试：
培训结束后，驾驶人会被告知科目一的考试时间，并按预约时间参加考试。
考试合格后办理清分：
考试合格后，驾驶人需携带成绩单、培训发票、培训回执单等相关材料，回到办理报名的地点办理清分业务。
另外，也可以通过交管部门的官方网站进行网上自助处理，但前提是违章罚款金额不得超过200元。
请确保在规定的时间内完成上述步骤，以避免进一步的处罚。