农用车超载的处理方式如下：
超载百分率小于5%
执法人员将不登记、不卸货、不赔偿、不处罚，但会进行警告教育。
超载百分率大于等于5%且小于等于20%
执法人员将进行登记，并要求当事人自行卸货分载，按标准交纳公路赔偿费，不进行处罚，但会给予警告教育。
超载百分率大于等于20%
将强制卸货，按限定缴公路赔偿费，并根据超限严重程度进行处罚，可能会被扣留机动车至违法状态消除。
货运机动车超载百分率大于等于30%
处五百元以上二千元以下罚款，并且会被公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
运输单位车辆多次违规
对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。
建议
遵守载重规定：农用车驾驶员应严格遵守载重规定，避免超载，以免造成不必要的法律和经济损失。
了解当地政策：不同地区可能有不同的处罚标准和执行力度，建议了解当地的具体规定，以便更好地遵守和应对。
及时整改：一旦发现超载行为，应立即采取措施进行整改，包括卸货、分载等，以减少罚款和扣分。
以上信息仅供参考，具体处罚和扣分情况请以当地交通管理部门的规定为准。