如果您发现您的摩托车被套牌，您可以按照以下步骤处理：
收集证据
搜集车辆外观照片、停车小票、高速收费小票、行车记录仪记录、监控录像等。
提交申诉
到交管部门提出车辆被套牌的申诉，可以选择车辆登记地或违章发生地的交管部门。
申请换牌
申诉成功后，交管部门会出具车辆被套牌说明，您可以凭此到车管所申请更换车牌号码。
法律后果
根据《道路交通安全法》第九十六条，使用伪造、变造的号牌将面临罚款、拘留，严重者可能追究刑事责任。
注意时效
尽快采取行动，因为收集证据和申诉都需要一定时间。
请确保遵循当地交管部门的具体指引和程序，因为不同地区可能有细微差别。