自主择业后的医疗保险处理方式如下：
参加基本医疗保险
自主择业军转干部未被录用聘用期间，可按照安置地政府的规定，参加安置地的基本医疗保险，并享受公务员医疗补助待遇。
所需缴纳的单位缴费部分和公务员医疗补助由安置地军队转业干部安置工作部门向当地社会保险经办机构缴纳，经费由安置地政府解决。
医疗保险个人账户
自主择业军转干部个人以退役金为基数按规定费率缴纳基本医疗保险费，社会保险经办机构为其建立个人账户。
停保与重新就业
如果自主择业军转干部被录用聘用，需先到所属区军转办办理医疗保险和生育保险的停保手续，然后由就业单位按规定办理五险一金的社保手续。
办理流程
参保人可携带有效证件至邻近的区县医保中心申请办理，或通过街道（镇）医保事务服务点或委托他人代为办理。
注意事项
自主择业人员在同一时期只能选择参加一种基本医疗保险，不能重复参保。
自主择业军转干部服现役期间的医疗保险个人账户基金余额，在参加基本医疗保险后并入其个人账户。
请根据个人情况和当地政策，选择合适的医疗保险参保方式。