在不认罪的情况下，检察院的处理方式通常包括以下几个步骤：
审查证据：
检察院首先会对案件进行审查，寻找相关证据。
补充侦查：
如果证据不足，检察院可以要求公安机关补充侦查，或者自行进行侦查。补充侦查有时间和次数限制，通常为一个月内，且以两次为限。
起诉或不起诉：
在证据充分的情况下，检察院会向人民法院提起诉讼。如果证据不足或者存在疑点，检察院可以作出不起诉的决定。
认罪认罚协商：
如果犯罪嫌疑人愿意，检察官可以与其协商量刑建议等事宜。如果犯罪嫌疑人拒绝认罪认罚，检察官在确认其意愿后，仍会依法进行审查起诉工作。
法院审理：
在法院阶段，如果案件没有签认罪认罚，且案情较为复杂，法院通常会选择普通程序进行审理。
判决：
法院在审理过程中，如果证据确凿充分，即使被告人否认罪行，法院仍有权依法作出判决。
需要注意的是，检察机关在决定是否起诉时，必须遵守《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，确保程序的正当性和证据的充分性