当环保部门对企业进行检查时，企业需要按照以下步骤进行应对：
提供准确详尽的环境保护情况
包括环评报告、排污许可证、监测记录等环保相关文件。
提供排污情况、废物处理、环境监测等数据。
存在环保问题的整改
根据环保部门指出的问题进行整改。
可以承诺消除污染，并立即停止生产。
缴纳罚款后，可在环保局环评科备案，由第三方进行环评报告，并根据报告指导安装环保设备。
法律途径
如果对环保部门的处罚有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
员工权益保障
如果企业因环保问题被停产整顿，员工应解除劳动合同，并按规定获得经济补偿。
补偿标准通常为每工作一年支付一个月工资。
可能的处罚措施
环保部门可责令企业限制生产、停产整治等措施。
情节严重时，可能报请政府批准，责令企业停业或关闭。
公众误解澄清
环保检查主要针对企业，不会累及农民工。
农民工应继续工作，政府不会因环保问题影响他们的生计。
请根据具体情况采取相应措施，并考虑咨询专业律师以获得更具体的法律建议。