如果您的营业执照副本丢失，您需要按照以下步骤进行注销：
补办营业执照正本
在当地官方报纸上刊登丢失声明，声明营业执照副本作废。
携带报纸原件和身份证复印件到工商管理部门补办营业执照正本。
财务清理
确保公司银行账户中的资金全部转走并完成银行销户。
处理所有未开具的空白发票，并在开票系统中作废。
税务注销
到税务局办理金税盘和税务登记注销。
携带金税盘、税务登记证正副本、公章等相关材料。
完成金税盘修改时钟和抄税后，税务局会出具税务事项通知书。
工商注销
携带营业执照正本、税务局出具的税务事项通知书原件及复印件、公章到工商局办理营业执照注销手续。
提交注销申请表格，并提供其他必要的材料。
请注意，注销流程可能需要三到六个月的时间，并且在此过程中可能需要进行审计和核查账目。务必确保所有税务和债务问题已处理完毕，避免后续产生纠纷。