宝宝合作医疗的办理流程如下：
办理入户手续
为新生儿办理入户手续，取得本市户口，这是参加婴儿医疗保险的前提条件。
办理参保手续
携带新生儿的户口簿、出生证明、监护人身份证原件等相关资料，到当地的医保服务点或城乡居民医保参保登记机构办理参保手续，并缴纳相应的费用。
领取就医凭证
办理参保手续后，可领取门诊医疗的就医凭证，包括《社会保障卡》和《就医记录册》。
如果是住院治疗，还需领取住院医疗的就医凭证，如《少儿住院基金医疗证》。
注意事项
如果在出生后28天内办理参保手续，那么当年住院包括新生儿刚出生的住院也可以报销。
如果超过28天，则需要等到每年1-2月份的统一时间参保。
报销流程
患病需要住院时，使用医保卡和病历本到自己的定点医院，自费部分自己交，报销部分由医保中心和医院结算。
如果需要转院治疗，需办理转诊手续，并在外地治疗结束后备齐资料进行报销。
建议家长在办理宝宝的合作医疗时，提前准备好所有必需的材料，并咨询当地医保服务点或相关部门，以确保流程顺利进行。