处理员工工资扣款问题，可以遵循以下步骤：
与用人单位协商
首先尝试与用人单位沟通，了解扣款的具体原因。
如果用人单位提供了合理的理由和依据，比如代扣代缴个人所得税或赔偿经济损失，可以协商解决。
投诉劳动监察部门
如果协商不成，可以向当地劳动监察大队投诉。
劳动监察部门会调查情况，并可能责令用人单位支付克扣的工资或赔偿金。
申请劳动仲裁
如果劳动监察部门的处理结果不满意，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。
在仲裁过程中，应提供相关证据，如劳动合同、工资条等。
法律途径
如果劳动仲裁结果不满意，或者用人单位不执行仲裁裁决，可以向人民法院提起诉讼。
法院会根据相关法律规定，判决用人单位支付应付的工资和可能的赔偿金。
注意最低工资标准
在扣除工资时，必须确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。
收集证据
在整个处理过程中，应尽可能收集和保留所有相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并注意时效性，及时采取行动维护自己的合法权益