当车辆因套牌被交警查获时，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条的规定，处理方式通常包括：
扣留车辆：
公安机关交通管理部门将扣留涉嫌套牌的机动车。
罚款：
根据违法行为的严重性，可能会被处以一定数额的罚款，通常在二千元至五千元之间。
拘留：
在特定情况下，如使用伪造、变造的号牌等，可能会被处以十五日以下的拘留。
刑事责任：
如果套牌行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。
证据收集与申诉：
车主应收集所有有利证据，并向交管部门提出申诉，证明自己的车辆是被套牌，而非伪造号牌。
合法证明或补办手续：
如车主能提供合法证明或补办相应手续，车辆可能会被及时退还。
车主在发现车辆被套牌后，应立即采取上述措施，配合交警部门的调查，并按规定缴纳罚款和拘留，同时积极申诉以维护自己的合法权益