办理农村自建房房产证的流程通常包括以下几个步骤：
申请宅基地使用权
向村集体组织申请宅基地使用权，并取得国土部门颁发的集体土地使用权证书。
向当地规划建设办申请房屋建设的报批手续。
提交建房申请
向村委会提出建房申请，并提交必要的材料，如身份证明、宅基地使用权证明等。
村委会审核
村委会审核申请，同意并签字盖章。
乡建办实地勘察
乡建办工作人员实地勘察，确认建房条件符合要求。
领取并填写申请表
在乡建办领取房屋建设申请表，并填写相关信息。
乡建办和乡主管领导审核
乡建办签字同意，乡主管领导签字盖章，核实同意。
规划建设局审批
将申请提交至县规划建设局进行审批。
房管所领证
房屋建成后，向房管所申请房屋产权证，并提交相关资料进行审核。
经房管所公告无异议后，缴纳相关费用，领取房产证。
所需材料通常包括：
登记申请书
申请人身份证明
宅基地使用权证明或集体建设用地使用权证明
房屋符合城乡规划的证明
房屋测绘报告或村民住房平面图
其他必要材料
请注意，具体流程和所需材料可能因地区而异，建议咨询当地房管部门获取最新信息