当个体户的实际经营额超过税务机关核定的定额时，应当采取以下措施：
及时申报：
在法定申报期限内，向主管税务机关申报当期实际经营额和所得额。
缴纳税款：
根据申报额缴纳税款。如果申报额超过定额，则按申报额缴纳税款；如果申报额低于定额，则按定额缴纳税款。
重新核定定额：
如果个体户的经营额连续超过核定定额一定幅度，可以向税务机关申请重新核定定额。
滞纳金和罚款：
如果未按规定申报并缴纳税款，税务机关可能会追缴税款，加收滞纳金，并依法予以处理。
发票处理：
如果开具的发票金额超过定额，需要根据实际销售额开具发票，并在申报时补缴超出部分的税款。
税率适用：
根据月营业额的不同，适用的个体工商户个人所得税核定征收税率也不同。
请确保遵循税务机关的规定和流程，合法合规地进行税务申报和缴纳税款。