处理闯红灯扣六分的情况，车主需要按照以下步骤进行：
携带证件：
携带身份证、驾驶证和行驶证到车辆违章地或车辆注册地的交警队或行政综合处理大厅。
确认违章记录：
到交警队确认违章记录和扣除的分数。
缴纳罚款：
确认违章无误后，需要缴纳相应的罚款。罚款金额一般为200元。
缴纳滞纳金：
如果未能在规定期限内缴纳罚款，则需缴纳滞纳金，滞纳金总额不超过罚款总额。
处理异地违章：
如果是异地违章，建议到违章地区的交警队处理，以避免本地处理后异地违章记录无法消除。
记录清除：
缴纳罚款后，交警队会与银行进行数据交互，一般需要一周左右违章记录会显示“已处理”，记分也会被清除。
学习：
如果驾驶人在实习期内累积扣分达到12分，则会被扣留驾照，需要重新学习。
建议车主尽快处理违章记录，以免产生不必要的滞纳金和法律责任。可以通过交警队现场处理、网上缴纳罚款或者到银行自助缴费机缴纳罚款等方式进行。