第二套房房产税的计算方法如下：
契税
购买第二套房产的契税为评估价的3%。评估价通常由地税局系统评估，并可通过房地产证号和产权人身份证号在“规划和国土资源委员会”网站查询，一般为市场价的60%左右。
住宅消费房产税
对于拥有两套住宅的家庭，人均建筑面积80平方米以上的部分，每年按市场评估价征收1%-3%的房产税，且没有减除额。
其他房产
家庭第三套住宅的房产税征收，每年征收4%-5%的房产税，且没有减除额；家庭第四套及以上住宅的房产税征收，每年征收10%的房产税，且没有减除额。
商业房产，每年均按租金收入的12%缴交房产税，财政部、国家税务总局另有规定的除外。
示例计算
假设购买第二套房产的市场评估价为100万元，家庭人均建筑面积为100平方米，则：
契税 = 100万元 × 3% = 3万元
住宅消费房产税 = （100平方米 - 80平方米） × 100万元 × 1% = 2万元
因此，总房产税为契税和住宅消费房产税之和，即3万元 + 2万元 = 5万元。
建议
在购买第二套房产时，建议详细了解当地的具体税收政策，以便准确计算应纳的房产税。
由于税收政策可能会有变动，建议在购房前咨询当地税务部门或专业房产顾问，获取最新的税收信息。