根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，分居六年离婚可以通过以下两种方式办理：
协议离婚
双方需就离婚、财产分割、子女抚养等问题达成一致意见。
签订书面离婚协议书，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
经过三十天的离婚冷静期后，双方可申请发给离婚证，完成离婚手续。
诉讼离婚
如果协商不成或有争议，一方可以向法院提起离婚诉讼。
提交起诉书及相关证据，法院受理后会进行调解。
如果调解无效，且符合法定离婚条件（如分居满二年且感情确已破裂），法院将判决准予离婚。
判决生效后，婚姻关系即告解除。
请根据您的具体情况选择合适的离婚方式。若有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告知