当摩托车驾驶证被扣12分后，您需要按照以下步骤处理：
停止驾驶：
立即停止驾驶摩托车，避免进一步的违法和不安全行为。
缴纳罚款：
带身份证、驾驶证、行驶证至违法地或车辆登记地的交警队缴纳相应的罚款。
参加学习培训：
根据交警的通知，参加7天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
补考科目：
完成学习培训后，参加交通管理部门组织的科目一考试。
等待恢复分数：
考试合格后，记分将被清除，并等待一定时间后，部分驾驶分数可能会被恢复。
重新获得驾驶资格：
考试通过后，可以拿回《机动车驾驶证》。
请注意，如果在一个记分周期内两次达到12分或者一次记分在24分以上，除了考科目一，可能还需要考科目三。此外，如果摩托车驾照处于实习期，驾照可能会被注销作废。
请确保在规定的时间内完成上述步骤，以避免进一步的处罚。