当企业发现多抵扣了进项税，应根据具体情况采取相应的处理措施：
正常业务多抵扣
可以留待下期继续抵扣。
非正常业务抵扣
需要进行进项税额转出处理。
账务处理为：借：库存商品、管理费用等，贷：应交税费-应交增值税-进项税额转出。
进项发票金额多开
通过开具红票的方式进行账务处理。
购方申请红票信息单，获得红票通知单后，由销方开具红字发票，购方重新获得正确的发票进行认证抵扣。
报表调整前的多抵扣
在增值税申报表二中做进项税额转出。
非正常损失或改变用途
将抵扣的进项税额转入相关科目，不予抵扣。
时限问题
进项转出后，如果未来有抵扣需要，可以在规定时间内使用。
以上处理可以通过所在地的电子税务局系统操作，现在金税系统自动管理，一般不需要去税务局当面申请。
请根据您的具体情况选择合适的处理方式，并确保遵循相关税法规定。