当发现员工做假账时，企业应当采取以下步骤进行处理：
立即停止违法行为
停止涉嫌做假账的员工继续从事相关财务活动。
收集证据
保存所有相关的财务记录、交易文件、电子邮件等，以备后续调查和法律诉讼使用。
内部调查
成立由内部审计、法律顾问等人员组成的调查小组，对涉嫌做假账的员工进行调查。
报告相关部门
根据调查情况，向税务机关报告，并提供必要的证据和资料。
法律后果
根据《中华人民共和国会计法》和《刑法》的相关规定，涉嫌做假账的员工可能面临罚款、行政处分、刑事责任等后果。
整改与预防
企业应重视内部管理，加强财务制度，提高员工法律意识，防止类似问题再次发生。
保护举报人
对于举报人，企业应提供必要的保护措施，确保其安全和隐私。
请记住，处理此类问题时，应保持诚实、积极的态度，并积极配合相关部门的工作。如果有任何疑问或需要进一步的指导，请咨询法律专业人士