两次扣十二分的处理方式如下：
暂扣驾驶证 ：驾驶证在一个记分周期内两次扣满12分，会被暂扣驾驶证。学习和考试
驾驶人需要在十五天内到车管所参加学习并考试科目一和科目三两科。
学习后，车辆管理所会在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
交罚款：
拿着确认书去车管所制定的银行去交罚款，去指定银行的任意一家分行都可以。一般在自动取款机就可以办理。
拒不参加学习或考试的处理：
拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
总结：
两次扣十二分后，驾驶人需要暂扣驾驶证，参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并通过科目一和科目三的考试。考试合格后，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习或考试的，驾驶证将被停止使用。同时，还需要缴纳相应的罚款。