在夫妻离婚且有两个孩子的情况下，法院在判决抚养权时通常会考虑以下因素：
孩子的年龄和性别：
通常情况下，两周岁以内的孩子原则上由母亲抚养，两周岁到十周岁之间的孩子，法院会依据最有利于未成年子女的原则进行判决，十周岁以上的孩子可以征求其真实意愿。
孩子的意愿：
对于已满八周岁的孩子，法院会尊重其真实意愿，但并非唯一决定因素，还需综合考虑其他因素。
父母的抚养条件：
法院会考虑双方的经济能力、居住环境、工作状况、家庭支持系统等，以确定哪一方更适合抚养孩子。
特殊情况：
如果两个孩子年龄都较小或都是双胞胎，法院可能会倾向于判由一方抚养。
父母协商：
如果双方能够就抚养权问题协商一致，法院可以按照双方的协议进行处理。
法律依据：
根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系不因离婚而消除，离婚后父母对子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
如果父母双方无法就抚养权达成协议，法院将根据上述因素判决，通常是一人抚养一个孩子。但需要注意的是，无论判决如何，孩子的最佳利益应当是判决的主要考虑因素