当卖家已发货但买家申请退款时，以下是处理步骤和建议：
了解退款原因
主动联系买家了解退款的具体原因。
确认是否因为商品问题、物流问题或其他原因导致买家不满意。
沟通协商
与买家友好沟通，尝试找到双方都能接受的解决方案。
如果商品存在质量问题，可以协商部分退款或退货退款。
如果买家无理由退款，可以解释已发货无法退款的原则，并提醒买家承担可能的运费。
操作退款
如果买家坚持退款，卖家可以根据物流情况选择“同意拒收后退款”。
在“售后状态”页面选择相应选项，并等待买家拒收。
若物流信息显示拒收，系统将自动退款给买家。
提供凭证
在拒绝退款时，提供发货的快递查询信息截图作为凭证。
如果买家拒收成功，确保及时更新物流状态，以便系统处理退款。
关注退款状态
留意退款超时状态，避免因系统问题导致退款延迟。
法律依据
根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，消费者享有公平交易的权利，但卖家也有权拒绝无理由退款申请。
请根据实际情况采取相应措施，并确保沟通礼貌和专业，以维护良好的买家关系