当宠物狗在宠物店丢失时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，宠物店作为保管人，若未尽到妥善保管的义务，导致宠物狗丢失，应当承担相应的赔偿责任。以下是处理此类情况的建议步骤：
协商解决
首先尝试与宠物店进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的赔偿方案。
如果之前有相关协议，比如关于宠物狗丢失的赔偿协议，则按照协议来赔偿。
法律途径
如果协商不成，宠物主人可以向法院提起诉讼，要求宠物店按照实际损失进行赔偿。
《民法典》第八百九十七条规定，保管期内因保管人保管不善造成保管物毁损、灭失的，保管人应当承担赔偿责任。
考虑情感因素
考虑到宠物狗与主人之间可能存在的深厚情感纽带，宠物店在协商赔偿时可以考虑额外支付一定金额作为精神损害抚慰金。
收集证据
在整个过程中，宠物主人应保留所有与宠物狗丢失相关的证据，如宠物店的保管记录、之前的沟通记录等，以备不时之需。
注意时效
如果选择通过法律途径解决问题，应尽快行动，因为法律程序可能需要一定的时间。
最后，请记住，每只宠物狗对主人来说都是独一无二的，因此在处理此类问题时，应尽量保持冷静和理性，寻求最合理的解决方案。