在夫妻离婚且有两个孩子的情况下，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法院在判决抚养权时通常会考虑以下因素：
孩子的年龄：
不满两周岁的子女一般由母亲直接抚养为原则；两周岁到八周岁之间的子女，法院会根据最有利于未成年子女的原则判决；八周岁以上的子女，应尊重其真实意愿。
孩子的性别：
在某些情况下，法院可能会考虑性别因素。
父母的抚养能力：
包括经济条件、居住环境、教育背景等。
父母的身体状况：
如是否有严重疾病等。
父母的意愿：
如果父母双方对抚养问题协议不成，法院会根据具体情况判决。
孩子的意愿：
特别是当孩子已满八周岁时。
特殊情况：
例如，如果一方丧失生育能力或有其他特殊情况，法院可能会作出相应的调整。
通常情况下，如果父母双方能够就抚养权问题达成协议，法院会依照双方的协议判决。如果协商不成，法院会根据上述因素判决一人抚养一个孩子。但在某些特殊情况下，如果一方抚养两个孩子更符合最有利于未成年子女的原则，法院可能会判决两个孩子都归一方抚养。
需要注意的是，法院在判决时会综合考虑所有相关因素，以确保孩子的最大利益得到保障。