基层特岗三年后的处理方式主要包括：
继续留任
若愿意继续在当地任教，可以申请转入正式教师编制。
经过考核且符合条件的特岗教师，通常不需要进行其他考试，由实施县（市、区）负责办理入编手续。
异地留转或到城镇学校应聘
如果不想留在乡镇，可以申请异地留转，到城镇学校应聘。
城镇学校在自然减员补充时，通常会优先考虑有3年教学经验的特岗教师。
重新择业
对于服务期满后选择重新择业的特岗教师，若符合条件，可以享受国家相关政策优惠。
可以参加公务员和事业编考试，或在研究生招生考试中享受加分政策。
其他选择
特岗教师也可以根据自身兴趣和特长，选择转行从事其他工作，如教育行政、教育咨询、企业培训等领域。
以上信息根据最新的政策更新整理而来，具体情况可能因地区而异，建议咨询当地教育部门或人事部门获取最准确的信息