进项税额的抵扣方法主要有以下几种：
凭票抵扣法
从一般纳税人或小规模纳税人取得的增值税专用发票或海关的专用缴款书上注明的增值税税额进行抵扣。
计算抵扣法
购进农产品用于直销或生产低税率（9%）货物的后期用于销售或服务：
若购买对象是按3%简易计税的小规模纳税人，取得的3%农产品专票按票面金额扣除率9%计算抵扣。
若从农民个人处收购的农产品，收购方自行开具收购凭证，可抵扣的进项税额=买价×9%。
通行费：
通行费纸质发票可按发票上注明的金额÷（1+5%）×5%计算抵扣进项税额。
核定抵扣法
仅针对试点一般纳税人企业，取得的农产品销售发票或收购发票按核定扣除法抵扣进项税额。
具体操作步骤：
确认可抵扣的进项税发票
包括增值税专用发票、进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票、通行费纸质发票等。
录入抵扣信息
在税务申报系统中录入抵扣信息，包括发票代码、号码、开票日期、税额等。
核对抵扣信息
核对无误后，提交申报并等待税务部门审核。
审核与抵扣
审核通过后，抵扣金额将自动从应纳税额中扣除，降低企业应缴税款。
注意事项：
只有合法合规的发票才能作为进项税额进行抵扣，企业需认真审核发票的有效性。
进项税额抵扣可以分期进行，每期抵扣金额不超过期初应缴税款总额的50%。
通过以上步骤和注意事项，企业可以确保进项税额的正确抵扣，从而减轻税收负担。