从澳门到深圳的船程时间主要取决于所使用的码头和具体的船班安排。以下是几种不同情况下的船程时间：
澳门外港码头到深圳蛇口港
船程约为60分钟。
渡轮运营时间为9点45分至20点45分，基本每个小时有一班船。
澳门氹仔码头到深圳蛇口港
船程约为60分钟。
具体船班时间为09:30-10:30, 11:00-12:00, 12:30-13:30, 14:30-15:30, 16:30-17:30, 18:00-19:00。
澳门新港澳码头到深圳福永码头
船程约为70分钟。
福永码头附近有穿梭巴士到深圳市区，如果不塞车的话，40分钟左右可以到达市区。
综合以上信息，可以得出以下结论：
从澳门外港码头到深圳蛇口港的船程约为60分钟，是最常用的路线。
从澳门氹仔码头到深圳蛇口港的船程也是60分钟，但班次较少，建议提前规划行程。
从澳门新港澳码头到深圳福永码头的船程为70分钟，且有快速通道到深圳市区。
建议根据具体需求和时间安排选择合适的码头和船班。