关于日本三年多次签证的费用，根据提供的信息，领事馆的收费大约为400元人民币。然而，请注意，这个费用可能不包括由第三方指定机构代为申请时可能产生的手续费。因此，实际的总费用将取决于您选择的申请方式（通过领事馆直接申请或通过代理机构申请）以及代理机构可能收取的额外手续费。
领事馆收费：大约为400元人民币。
代理机构手续费：根据不同的代理机构，费用可能会有所不同。
申请材料：您需要准备有效护照、机票预订证明、住宿预订证明、行程计划等材料。
激活签证：在冲绳住一晚并获取住宿证明后，回国销签，签证激活后可以随意进出日本。
建议您访问日本大使馆或领事馆的官方网站，以获取最新的签证费用信息以及申请流程的详细说明。