深圳公司进行零申报的操作步骤如下：
登录电子税务局或网上申报系统
访问国家税务局网上办税服务厅或深圳税务局官方网站。
登录后，选择“我要办税”或“企业登录”进入登录界面。
进入申报征收模块
在登录界面中，选择“申报征收”模块。
选择零申报选项
在申报征收模块中，选择“电子申报”或“简易申报”方式。
在申报界面中选择“零申报”选项。
填写零申报数据
在申报表中，将所有应填写的数据项都填为0，并确保数据的准确性。
对于增值税一般纳税人，在“本期零申报套餐”模块进行零申报。
提交申报数据
确认申报数据无误后，提交申报数据。
打印申报报表
打印申报报表并加盖公章。
如果是纸质申报，需要前往税务大厅进行申报。
注意事项
零申报并不意味着公司不存在税务问题。
连续三个月零申报可能被视为异常申报，需要特别注意。
扣缴义务人即使当期未造成应税行为，也应按照国家税务法规定办理零申报手续。
请确保按照最新的税务规定和流程进行零申报，若有变动，请及时关注税务局的通知和更新。