离婚时有两个孩子的处理方式主要有两种：
协议离婚
双方需自愿离婚，并签订书面离婚协议。
离婚协议应包含对子女抚养、财产分割和债务处理等事项的共识。
准备必要文件，如身份证、户口本、结婚证和离婚协议书，到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。
诉讼离婚
如果一方不同意离婚，另一方可以向人民法院提起离婚诉讼。
准备起诉状、结婚证及其他证明感情破裂的证据，提交至法院。
法院在审理离婚案件时，会进行调解，若感情确已破裂且调解无效，法院将准予离婚。
孩子的抚养权问题，法院会根据孩子的年龄、双方的经济状况、抚养能力等因素，以最有利于孩子成长为原则进行判决。
对于不满两周岁的孩子，抚养权一般归母亲；两周岁至八周岁的孩子，抚养权归属需综合考虑双方条件，协商不成则由法院判决；八周岁以上的孩子，应尊重其真实意愿。
请根据具体情况选择合适的离婚方式，并咨询专业律师获取具体指导