农村合作医疗的报销流程通常包括以下几个步骤：
身份确认
参保患者须凭本人医疗卡和有效身份证（或户口簿）进行身份确认。
普通门诊报销
在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可以直接刷卡报销。
住院报销
在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院时直接刷卡报销。
在市外二级及以上公立医疗机构住院，应在出院后三个月内，携带医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、医疗卡、户口本、门诊病历、经办人身份证等材料到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销
参保患者可持二级及以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可列入报销范围。
意外伤害住院报销
出院后需提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录，无法提供有效证明和记录的，不予受理。
费用核算与兑付
县级定点医疗机构合作医疗窗口工作人员对提交的材料进行审查，核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》。
审核通过后，报销的费用会打到指定的银行账户中。
请注意，报销比例和具体流程可能因地区而异，建议咨询当地新农合办公室或社保局获取最新信息。