在公司持有股份的员工辞职时，处理方式主要依据员工与公司之间的持股合同以及相关的法律法规。以下是具体的处理步骤和建议：
查阅持股合同
首先，员工应仔细查阅与公司的持股合同，了解合同中关于离职时股份处理的具体条款。合同内容将决定员工在离职时是否能够继续持有股份、股份的回购方式以及回购价格等关键事项。
协商一致
如果持股合同允许员工在离职后继续持有股份，则员工可以按合同约定进行持股和分红。
如果合同要求离职股份单位回购股份，员工可以按照离职时股权的价值由公司进行回购。
法律依据
根据《中华人民共和国公司法》第一百三十七条，股东持有的股份可以依法转让。员工在离职时，应按照法律规定进行股份转让。
处理流程
协商一致离职：员工可以与公司协商一致后离职，并依据合同约定办理股份转让手续。
提前通知：如果员工希望提前离职，应提前三十日以书面形式通知公司，以便公司有足够的时间进行股份回购或其他安排。
公司回购：对于未上市的公司，员工离职后，所持股份应当在离职后一个月内转让给公司。如果原始股股东拒绝转让股份，公司将强制要求转让，且强制转让价格通常为该部分股份所对应的公司上年度末经审计的净资产值。
上市公司：对于上市公司，员工可以选择保留股份而无需退出。原始股股东离职后，将失去股份资格，必须在离职之日起一个月内将所有持有的股份转让给公司。如果拒绝转让，公司将强制执行，价格以离职前一年年末审计的净资产价值为准。
纠纷解决
如果员工与公司之间在股份处理上存在纠纷，可以直接向法院提起诉讼，而不需要先申请劳动仲裁。
建议
提前规划：员工在离职前应尽早与公司沟通，明确股份处理的方式和流程，以避免后续纠纷。
合同条款：务必仔细阅读持股合同，确保自己的权益得到保障。
法律咨询：在处理股份转让等法律事务时，建议咨询专业律师，确保操作合法合规。
通过以上步骤和建议，员工可以更加顺利地处理离职时的股份问题。